Ditinjau dari segi arti katanya, maka sesungguhnya apakah arti dari kata Kisik itu? Ternyata dari pertanyaan sederhana ini menunjukkan bahwa sebagian besar warga masyarakat Desa Kisik masih banyak yang belum mengetahui dan memahami dengan pasti. Jika ditinjau dari aspek bahasa, maka Kisik merupakan sebuah kata yang terdapat dalam bahasa Jawa (juga dalam rumpun bahasa Jawa Madya), yang artinya adalah Pantai. Kata Kisik ini sepadan dengan kata Gisik yang juga terdapat dalam bahasa Jawa Baru, yang memiliki arti pantai atau tepi pantai. Jadi dengan demikian, dapat diartikan bahwa secara harfiah makna dari Desa Kisik adalah Desa Pantai atau Desa di Tepi Pantai.Ditinjau dari segi arti katanya, maka sesungguhnya apakah arti dari kata Kisik itu? Ternyata dari pertanyaan sederhana ini menunjukkan bahwa sebagian besar warga masyarakat Desa Kisik masih banyak yang belum mengetahui dan memahami dengan pasti. Jika ditinjau dari aspek bahasa, maka Kisik merupakan sebuah kata yang terdapat dalam bahasa Jawa (juga dalam rumpun bahasa Jawa Madya), yang artinya adalah Pantai. Kata Kisik ini sepadan dengan kata Gisik yang juga terdapat dalam bahasa Jawa Baru, yang memiliki arti pantai atau tepi pantai. Jadi dengan demikian, dapat diartikan bahwa secara harfiah makna dari Desa Kisik adalah Desa Pantai atau Desa di Tepi Pantai.

Penjelasan kata Kisik yang sedemikian rupa ini merupakan jenis penamaan wilayah yang mengambil aspek nama geografis sebagai nama administratif desa atau dusun Penggunaan aspek geografis sebagai sebuah administratif juga banyak dilakukan oleh desa, dusun, atau kecamatan lain, seperti Manyar (akronim dari Lemah Anyar), Gresik (dari kata Giri-Gisik yang berarti wilayah gunung pantai) yang dalam kronik cina, kota Gresik disebut pula dengan Tsin-Tsun &, serta Desa Karangrejo (Karang = Tanah).

Sekarang muncul pertanyaan, jika Desa Kisik diartikan sebagai Desa Pantai atau Desa di Tepi Pantai, lalu dimanakah letak pantainya? Apakah masih ada pantainya sampai sekarang? Hal ini tentu menjadikan sebuah pertanyaan besar bagi masyarakat setempat mengingat wilayah Desa Kisik saat ini berada di daratan. Desa Kisik saat ini jika dicermati tidak memiliki garis pantai sama sekali. Bahkan, masyarakatnya juga tidak ada yang bermatapencaharian sebagai nelayan saat ini. Sebagian besar masyarakat justru merupakan petani sawah, ladang, dan tambak atau pegawai dan buruh di berbagai perusahaan industri. Untuk menjawab persoalan ini tentunya harus dilakukan penelitian secara ilmiah dengan bukti-bukti nyata melalui pengkajian riwayat asal-usul desa.

Seperti yang telah dijelaskan di atas bahwa Desa Kisik memiliki makna Desa Pantai atau Desa di Tepi Pantai. Tentu saja hal tersebut harus dicari letak posisi pantainya. Kata "Kisik" merupakan istilah toponomi lama yang masih digunakan sampai sekarang oleh masyarakat setempat. Toponomi kata Kisik jika dikaji lebih dalam akan mampu mengungkap memori kolektif masyarakat setempat di masa lalu. Nama Kisik merupakan kata yang dipilih untuk menjaga riwayat sejarah serta asal-usul terbentuknya desa tersebut di masa lampau. Kata ini (Kisik) merupakan kesepakatan warga (para sesepuh pendiri desa) pada masa lampau untuk menyebutkan wilayah yang didiaminya agar mudah diingat. Kata ini disepakati sebagai pengingat atau penanda tentang identitas wilayah, baik secara sosial-budaya maupun administratif pemerintahan desa.

Lalu, sejak kapan wilayah Desa Kisik tersebut mulai terbentuk atau berpenghuni penduduk pada awal mulanya? Tentunya sangat sulit untuk menentukan secara tepat dan akurat mengingat tidak ada prasasti, catatan, serat, babad, maupun sumber-sumber referensi tertulis lainnya yang dapat ditemukan hingga sekarang. Namun demikian, beruntung ditemukan adanya sedikit sumber tradisi dari cerita rakyat pantura. Dalam tradisi rakyat pantura ini menunjukkan bahwa bukti tertua yang berhasil ditemukan mengenai asal-usul atau penamaan wilayah Desa Kisik tercatat pada abad 17. Dalam cerita rakyat pesisir utara Jawa (juga cerita yang berkembang di Madura) menyatakan bahwa ketika pasukan Mataram (Kesultanan Mataram) di bawah pemerintahan Sultan Agung hendak menyerang dan menaklukan seluruh pulau Madura pada abad 17, ternyata mereka telah mendarat terlebih dahulu di sebuah daerah pantai yang bernama "Kisik" untuk mengatur strategi penyerangan.

Peristiwa pendaratan pasukan Mataram di pantai Kisik ini menurut sejarawan tercatat pada tahun 1624, Catatan lainnya bahkan menjelaskan bahwa proses pendaratan dan penyerangan ke Madura tersebut terjadi pada bulan Juli Agustus tahun 1624. Salah satu pemimpin paukan Mataram yang terkenal dan ikut berperang pada masa itu ialah bernama Ki Juru Kiting. Jika tahun ini menjadi patokan awal dari keberadaan wilayah Kisik, maka setidaknya wilayah Desa Kisik sampai saat ini (2019) sudah berusia 395 tahun. Pendapat mengenai keberadaan awal dari wilayah Kisik ini tidaklah mutlak, mengingat jika nanti ada bukti-bukti baru yang lebih kredibel maka akan dapat diperbaharui secara ilmiah. Bisa jadi, dalam penelitian lebih lanjut ditemukan bukti baru bahwa keberadaan Desa Kisik justru lebih lama dari tahun itu (1624) atau bisa juga ditemukan bukti yang menunjukkan bahwa catatan mengenai wilayah Kisik baru muncul pada tahun kemudian. Namun demikian, selama belum ditemukan bukti baru tersebut, maka angka tahun 1624 dapat dijadikan "patokan awal" untuk menelusuri jejak sejarah Kisik lebih jauh.

Sejarawan Belanda yang bernama H. J. de Graff dalam karyanya berjudul De regering van Sultan Agung, Vorst van Mataram, 1613-1645: en die van zijn voorganger Panembahan Sédaing-Krapjak 1601-1613, menjelaskan bahwa ketika pasukan Mataram hendak menyerang Pulau Madura mereka telah mendarat di Pantai Kisik.10 Penulis H.J. de Graff awalnya mengidentifikasi wilayah Kisik ini terletak di bagian barat Pulau Madura, namun sejauh yang diketahui ternyata nama Kisik ini yang terkenal justru ia temukan di Desa Kisik, Bungah, Kabupaten Gresik. Sedangkan, di Madura sendiri sampai saat ini tidak ditemukan nama-nama desa atau dusun dengan penyebutan Kisik. Hal ini menjadi faktor pendukung kuat untuk menentukan bahwa yang dimaksud Kisik tersebut tentunya adalah wilayah pantai di Desa Kisik yang ada di Bungah Gresik.

Pendapat mengenai pendaratan pasukan Mataram di pantai Kisik tersebut ternyata juga didukung faktor geografis Desa Kisik ketika abad 17. Mengingat, kondisi pantai Kisik (Desa Kisik) yang sangat dekat berada di seberang pulau Madura saat itu. Artinya, wilayah pantai Kisik dahulu menjadi lokasi yang strategis untuk menyusun kekuatan, perbekalan air dan makan pasukan, persenjataan perang, dan mengatur strategi awal perang guna menyerang pasukan Madura di wilayah seberang. Kisah terkait penyerbuan pasukan Mataram ke Madura ini bahkan telah di bukukan secara heroik dalam kisah buku seri yang berjudul Pecut Sakti Bajrakirana: Seruling Gading, karya dari seorang pengarang terkenal yang bernama Asmaraman S. Kho Ping Ho.